國家公園在保護管理層面面臨著錯綜復雜的局面，編制具有科學性、系統性、前瞻性的規劃顯得十分必要。規劃也是實現自然資源空間管制的最直接途徑和有效手段，在幫助管理者和利益相關者共同參與國家公園管理方面，具有舉足輕重的意義。國家公園規劃應分為系統規劃、總體規劃、專項規劃和實施計劃共四個層次。四個層次的規劃應解決從宏觀到微觀的不同問題。各層次規劃之間的位勢關系應具有強制性，即下一層級的規劃不能違背上一層級規劃的基本原則和強制性規定。
一是系統規劃。即“中國國家公園系統規劃”，要解決的核心問題是我們國家的國家公園在整個國土和海域空間上是如何分布的。這應是一個“自上而下”的規劃，規劃編制和組織實施都應是自上而下的，改變目前各類自然保護地普遍采用的“地方申報”制的模式。應在國家層面綜合各類資源屬性進行科學分析，按照國家公園的定義要求，形成具有系統性、科學性和國家代表性的國家公園規劃布局。
二是總體規劃。其性質應理解為總體保護管理規劃，是解決一處國家公園在未來較長時間內的發展方向和保護管理重要問題的綜合性規劃。這是國家公園規劃體系中最為重要的一類規劃，每一處國家公園都應編制總體規劃?？傮w規劃應包括國家公園的分布、范圍、分區、設施建設等空間內容，同時也應包括國家公園的性質、價值、目標、管理政策以及機制保障等非空間的政策性內容。總體規劃至少包括總則、目標體系、分區規劃、專題規劃、機制保障五個方面。其中，總則部分除了應包括常規性的依據、范圍、期限等內容外，應著重闡述國家公園的價值，即國家公園的代表性是什么，需要保護的價值特征是什么。價值的形成和闡述是一個凝結共識的過程，確立下來的國家公園價值應該得到各方的認同并形成自覺保護意識，規劃的目標體系和各項規劃措施也都應以對價值的保護為基本出發點并圍繞價值展開。價值闡述也應是基于充分的本底調查、科學研究和比較分析的結論；價值確立后應長期堅持，不輕易改變，不以個別利益相關方的意志為轉移。在我們考察的各國國家公園規劃中，盡管價值闡述相關文件的名稱不同，但對這一環節都十分重視，有些國家甚至將其作為一個單獨的法定文件，具有嚴格的審批程序，其重視程度可見一斑。
目標體系的確立有兩方面的意義，一方面，為現狀問題確立解決問題的目標，另一方面，為未來發展確立理想狀態的目標。因此，目標體系應分為分類目標和分期目標兩個維度，兩者相結合構成目標矩陣。近期目標應更多地設置定量的、可考核的目標，遠期目標則應更傾向于定性的、方向性的描述。
分區規劃是在總體規劃層面實現國土空間用途管制的直接的、更為具體的手段。從世界范圍來看，國家公園分區規劃出現的一些新的趨勢可以總結為以下幾個方面：其一，出現了動態的分區規劃，即分區的劃定在規劃期內并不是一成不變的，考慮到生態修復的進程和效果、人類活動干擾的時間性差異等因素，可以考慮分區類型之間的變動，但這種對變動的規劃是經過系統監測、科學分析、影響判斷等綜合決策的結果，并不是隨意的、經驗的武斷決定；其二，多方案比較，這種方法隨著環境影響評價的推廣而在分區規劃中體現出來，因為規劃的最終決策者或實施者其實并不是規劃方，多方案比較的思路有益于在分區階段作出更為系統的分析，為決策者提供清晰的分析框架，提高決策的科學性和客觀性；其三，分區政策逐漸細化，基于國家公園價值、目標體系和現狀問題，分區政策的細化程度顯著增加，這有效避免了“一刀切”的粗放政策，但對管理能力提出了更高要求。以上三個方面應在我國國家公園的總體規劃中予以關注。
總體規劃中的專題規劃，至少包括保護、體驗、社區管理和監測四項內容，這四項內容是由國家公園的功能決定的，是支撐國家公園保護管理的基礎性內容。在機制保障部分，應強調國家公園保護管理的公眾參與。
三是專項規劃。是針對具體專項問題提出解決方案的規劃。這類規劃應針對較為具體的問題，以充分調研為基礎，提出較為詳細的規劃措施。應強調專項規劃的“按需編制”原則。每一處國家公園擁有的資源條件各不相同，面臨的現狀問題也千差萬別，盡管在國家層面的體制機制設計中應解決部分關鍵性和共性問題，但從技術層面對國家公園管理的具體內容進行深入調查、分析和專題規劃是十分必要的。專項規劃的類型可以是多樣的，包括專題研究、本底調查、特定領域的規劃，乃至詳細規劃。
四是管理計劃。這個層面主要由國家公園管理單位來自行編制。根據總體規劃和各類專項規劃的要求，落實每一年度的目標和措施，具有工作計劃的功能，同時也應作為年度考核和監測的本底文件。
以國家公園為主體的自然保護地體系的建立是一項長期、根本性、全局性的體制改革戰略，以上僅從國家公園規劃層次和內容的角度入手進行了粗淺的調研和思考，在規劃技術和制度建立層面仍有諸多問題需要深入研究。如何通過持續的技術創新和制度創新，實現我國自然保護地體系的健康持續發展和完善，仍有很長的路要走。
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